É muito importante economicamente, pois forma o grande elo rodo-hidro-ferroviário do Estado. Possui grande potencial energético, grande aproveitamento das terras irrigáveis e um notável complexo de vias de navegabilidade.

Pode ser subdivida em dois grandes grupos: o do Norte e o do Sul. O do Norte tem suas nascentes no Planalto e com certa proximidade do Oceano, separadas pelas escarpas do Planalto Meridional. Os rios da porção Norte escorrem de leste para oeste, acomodando-se nos grandes vales que se formaram na encosta do Planalto.

O Rio Jacuí, com nascente em Passo Fundo, a cerca de 800 m acima do nível do mar, é o principal rio da Bacia do Sudeste. É um importante rio no que diz respeito à eletrificação, navegabilidade, irrigação e história (por conta deste último item, houve uma maior integração da comunidade gaúcha ao longo da história do Estado).

Limita naturalmente 32 municípios do Planalto e da Depressão Central. Os principais afluentes do Jacuí são o Taquari, Caí, Sinos e Gravataí (margem esquerda) e Vacacaí (margem direita).

Estes rios citados foram responsáveis pelo surgimento de diversas cidades, uma vez que no período da colonização alemã, italiana e açoriana, serviram como trilhas de integração (as barcas que levavam os colonos ao interior do Estado percorriam as águas destes rios).

O Rio Gravataí, que nasce em banhados na região de Viamão, percorre Alvorada, Gravataí, Cachoeirinha, Canoas e Porto Alegre, possui um trecho navegável considerável de pequenas embarcações e apresenta terminais graneleiros e derivados de petróleo.

O Rio dos Sinos, que nasce em Caraá, no Litoral Norte, forma uma região, o Vale dos Sinos, de notável caráter industrial, decisiva para o desenvolvimento econômico do Estado. Serve várias cidades dos arredores de Porto Alegre, tais como Sapiranga, Campo Bom, Novo Hamburgo, São Leopoldo, Sapucaia do Sul, Esteio, Nova Santa Rita, Canoas e Triunfo.

Tanto o Rio Gravataí quanto o dos Sinos sofrem grandes impactos ambientais e problemas de poluição de suas águas, o que merece grande atenção da sociedade para a preservação dos sistemas ambientais da região.

A bacia do Sul compreende o Canal de São Gonçalo, e os rios Camaquã e Piratini e Jaguarão entre os principais cursos d’água. 

O grande sistema lagunar gaúcho apresenta mais de cem lagoas e lagunas (as principais: Laguna dos Patos, Lagoa Mirim, Lagoa Mangueira, Lagoa dos Barros, Lagoa dos Quadros, Lagoa Pinguela, Lagoa Itapeva, Lagoa do Peixe, e outras menores, como as lagoas Negra, da Custódia, dos Gateados, dos Cerros, Caiúva, do Mato, da Porteira, Quintão, Paquetá, Formosa e de Tramandaí.

O Lago Guaíba (que também é denominado “Estuário” ou “Rio”) é uma continuação do Rio Jacuí e da confluência com os afluentes da região. Forma um delta interior, raro no mundo, o Delta do Jacuí, de importante interesse ecológico e ambiental. Banha os municípios de Porto Alegre, Eldorado do Sul e Guaíba, em uma área de mais de 450 km², e encontra-se bastante poluído na área do centro de Porto Alegre, mas despoluído nas regiões de Itapuã (Viamão), Lami e Belém Novo (Porto Alegre). Em 2011, foi retomado o transporte fluvial de passageiros no Guaíba, através de catamarã, pela travessia Porto Alegre/Guaíba, facilitando o deslocamento de pessoas da Capital para a cidade de Guaíba sem a necessidade de utilizar a via rodoviária (BR-290 e BR-116, além da Ponte do Guaíba).

Já a Lagoa Mirim, localizada no extremo sul, tem 6.200 km² de extensão, um quinto destes em território uruguaio. Interliga-se com a Laguna dos Patos através do Canal de São Gonçalo, entre Pelotas, Rio Grande, Capão do Leão e Arroio Grande.

A Laguna dos Patos (imagem no topo da página, de reprodução do Google Maps) que possui comunicação com o Oceano Atlântico, através da Molhes Barra do Rio Grande e não é limitada por terras em toda sua extensão, tem 230 km de comprimento e 35 km de largura média. Tem, ao todo, 10.144 km² de área, se estendendo de Viamão (Estuário do Guaíba) até Rio Grande.

Principais rios: Uruguai, Ibicuí, Ibirapuitã, Santa Maria, Quaraí, Camaquã, Piratini, Jacuí, Gravataí, Sinos, Caí, Taquari, das Antas, Paranhana, Mampituba, Pelotas.